1945, Odo Island: il pilota kamikaze Koichi Shikishima è costretto ad atterrare per un guasto meccanico. Lì è di stanza un'unità di riparazione capitanata dal meccanico Sosaku Tachibana, unità che durante la notte viene improvvisamente attaccata da una creatura misteriosa e inarrestabile, che gli abitanti dell'isola chiamano "Godzilla". 1947, Tokyo: Shikishima è tornato dalla guerra, ma la sua casa è distrutta e i genitori morti nei bombardamenti. Dopo aver accolto la vagabonda Noriko e la neonata Akiko, Shikishima, schiacciato dal rimorso di essere un sopravvissuto e dal senso di colpa per quanto accaduto a Odo Island, inizia a lavorare su una barca dragamine. Ma dopo i test nucleari americani dell'Operazione Crossroads condotti nell'atollo di Bikini, un nuovo e gigantesco Godzilla, ora evolutosi a causa delle radiazioni, sta per attaccare Tokyo...
